点击主界面下方的“Plugins”按钮，弹出插件配置管理窗口。在窗口中可以看到许多常用的软件名称，也就是“PE Builder”允许在生成的光盘系统中使用的应用程序。“Yes”表示该插件已经被集成到软件中，可以直接使用。“No”表示没有该插件的安装文件，需要手动从应用程序的安装目录提取。比如在最下方可以看到事先添加的中文支持插件，显示为“Yes”状态，可以直接使用（图2）。

　　下面以手动添加“Total Commander v6”程序为例介绍一下软件集成方法。首先选中“Total Commander v6”文件名，单击“Eable/Disable”按钮，弹出提示框将“Missing files：”后面列出的所有文件名记下来（图3）。然后到“Total Commander v6”的安装目录中复制这些文件到BPEB目录下“plugin”文件夹下的“Total Commander v6”文件夹中即可。返回 “Plugin”列表，再次选中“Total Commander v6”并单击“Enable/Disable”按钮，看到后面的“NO”变成“YES”就可以了。设置完成后，点击“Close”按钮返回“PE Builder”主面板。


　　点击“Build”按钮，弹出一个对话框，点击“是”，“PE Builder”会自动执行创建操作，并有一个窗口显示文件提取和创建进度（图4）。创建过程大约在几分钟后完成，你就可以在保存目录中看到光盘镜像文件，再使用刻录软件将它刻录到光盘上，至此一张功能强大的光盘系统就做成了。
　　最后当把该光盘放入到光驱中，并在BIOS中设置成光盘启动后，启动完成后，你就会看到一个图形化的操作平台，在左下角有一个“GO”按钮，它的功能与“开始”菜单相同，单击它可以打开集成的应用程序（图5）。